Nicht nur beim Bau eines U-Bahnsystems sind Bauarbeiten nötig - häufig unbemerkt von den Fahrgästen sind auch im laufenden Betrieb eine Vielzahl von Arbeiten nötig, für die fast jeden Tag häufig gleich mehrere Bauzüge ausrücken und teils im Spätverkehr, vor allem aber während der nächtlichen Betriebsruhe nötige Wartungsarbeiten durchführen. Manche Arbeiten sind aber so umfassend, dass eine Einschränkung des Betriebes unvermeidlich wird.
Nachrüstungen
München hat ein vergleichsweise junges U-Bahnsystem, das daher nach recht neuen Standards erbaut wurde. Dennoch haben sich die Bedürfnisse in der Zwischenzeit geändert. So waren 32 Bahnhöfe auf der U3/6 und der damaligen U8 von Scheidplatz bis Neuperlach Zentrum nicht von Anfang an mit Aufzügen ausgerüstet. In der Zwischenzeit wurden alle 32 davon nachgerüstet, als letzte Station erhielt Freimann einen barrierefreien Zugang mit Aufzügen.
Im Verlauf des Baus der zweiten S-Bahn-Stammstrecke werden auch weitere Anpassungen an den Kreuzungsbahnhöfen Hauptbahnhof, Marienplatz und Ostbahnhof nötig werden.
Wartung
Jeden Tag stehen im U-Bahnnetz eine Vielzahl Arbeiten für laufenden Unterhalt und Erneuerung und Anpassung der Anlagen an den aktuellen Stand der Technik und veränderte Bedürfnisse an. So müssen die Schienen instand gehalten oder getauscht werden, die elektrischen Anlagen und die Sicherungstechnik gewartet oder auch nur das Gleis am Bahnsteig von Verschmutzungen gereinigt werden. Ebenso müssen Transportfahrten wie die Lieferung von neuen Rolltreppen durchgeführt werden.