Der U-Bahnhof Gern wurde vom Architekturbüro Claus + Forster und dem U-Bahn-Referat der Stadt München geplant.
Inmitten des Ortsteils Gern, der ab 1892 als Villenkolonie geplant und ausgebaut wurde, liegt der U-Bahnhof in einer ruhigen Wohngegend. 1899 gelangte das bereits im 11. Jahrhundert erwähnte Dorf schließlich als Teil von Nymphenburg zu München.
Aufgrund der beengten Verhältnisse an der Oberfläche sind die Außenwände schräg. Die Waisenhausstraße, unter der sich der Bahnhof befindet, konnte während der Bauzeit nicht komplett gesperrt werden, weswegen immer auch Fahrbahnen für den Busverkehr freigehalten werden mussten.
An den blau lasierten Bahnsteigwänden aus Sichtbeton sind Glasplatten mit Texten und Motiven aus der Stadtteilgeschichte Gerns angebracht, die von Michael Zimmermann zusammengestellt wurden. Der Boden des Bahnsteigs ist mit hellem Granit ausgelegt, der die Beleuchtung aus den neun Lichtpyramiden leicht reflektiert.
Am westlichen und am östlichen Ende des Bahnsteigs befindet sich ein Lift zur Oberfläche und zum Sperrengeschoss, außerdem führen an beiden Bahnsteigenden Fahr- und Festtreppen über Sperrengeschosse zur Oberfläche.
Ursprünglich sollte der Bahnhof gemäß den 1989 beschlossenen Planungen etwa 185 Meter weiter südlich liegen, was jedoch zu erbitterten Protesten unter den Anwohnern führte, sowohl für als auch gegen die südlichere Lage.
Erst nach etwa einem Jahr entschied schließlich die Regierung von Oberbayern, dass der U-Bahnhof aufgrund ausgeglichenerer Bahnhofsabstände und besserer Fahrgastprognosen in Nordlage gebaut werden sollte. Die Baukosten erhöhten sich allerdings um etwa 3 Millionen DM, die Bauzeit um einige Monate.
Die neun trichterförmigen Lampenschirme von der Kölner Firma Lichtdesign in der Decke wurden in die Zwischenräume der Aussteifungen des Bahnhofsbauwerkes eingepasst und erwecken den Eindruck, als ob durch sie Tageslicht von oben einfallen würde. Sie sind über einen nicht genutzten Hohlraum über dem Bahnsteig zugänglich, von wo aus z.B. defekte Lampen getauscht werden können. Hohlräume dieser Art existieren in zahlreichen U-Bahnhöfen und sind durch das Schlitzwand-Deckel-Bauverfahren mit Aussteifungen bedingt.